Maģistratūras lekciju kurss "Ievads bioinformātikā"

2011. gada rudens semestra nodarbību plāns
2011. gada rudens semestrī nolasīto lekciju prezentācijas un ar tām saistītie materiāli un piemēri

Lekcijas prezentācija (MS Office PowerPoint 2010 formātā)*

Lekcijas materiāli (tīmekļa vietnes, datu faili, programmas, mācību materiāli)

1. lekcija

Eiropas bioinformātikas institūta izglītojošais materiāls
ASV Nacionāla biotehnoloģijas informācijas centra izglītojošais materiāls
Miežu cDNS sekvenču BLASTX homoloģijas meklēšanas rezultātu fails
Perl skripts (programma BLASTX rezultātu analīzei

2. lekcija

NCBI GenBank
DNA Data Bank of Japan
EMBL Nucleotide Sequence Database
Staden Package (programma DNS sekvenču savākšanai
DNS sekvences Staden Package izmēģināšanai
Craig Venter lekcija par Sargasu jūras mikroorganismu metagenomiku
Miežu genomiskās DNS sekvence EU545232 un cDNS sekvence EU545233 (sekvences meklējamas GenBank datu bāzē)

3. lekcija

Softberry gēnu paredzēšanas programmas (FGENESH)
GenScan gēnu paredzēšanas programma
Miežu genomiskās DNS sekvence gēnu paredzēšanas programmu pārbaudei

4. lekcija

Webb S. (2011) A decade after the genome, bioinformatics comes of age. BioTechniques, 51:157
Nucleic Acids Research Database issue
NCBI Entrez
EMBL SRS
Thomson Reuters Web of Knowledge (pieejams tikai LU tīklā)
Google Scholar
Harzing's Publish or Perish

5. lekcija

NCBI Bookshelf
NCBI OMIM
NCBI Nucleotide
NCBI dbEST Summary
NCBI protein
NCBI Taxonomy
NCBI dbSNP
NCBI CDD
NCBI COG
NCBI PopSet

6. lekcija

NCBI GEO
Dotter
Dotlet

7. lekcija

NCBI BLAST
Needlaman - Wunsch globālais salīdzinājums

8. lekcija

Clustal X2 un W2
Clustal W2 Eiropas Bioinformātikas institūta mājas lapā
FASTA fails ar globīnu sekvencēm
TreeView programma dendrogrammu apskatei
FASTA fails ar KOG2323 piruvātkināžu sekvencēm
JalView programma sekvenču daudzkārtējo salīdzinājumu apskatei un rediģēšanai
WebLogo programma sekvenču motīvu vizualizēšanai
Intervija ar Carl R. Woese

9. lekcija

FASTA fails ar alfa globīnu sekvencēm
TreeView programma dendrogrammu apskatei
PHYLIP filoģenētiskās analīzes programmu pakete
MEGA programma

10. lekcija

WorldWide Protein Data Bank

11. lekcija

Pepinfo, Pepwindow, Pepstats
Swiss Institute of Bioinformatics ExPASy proteīnu datu bāzes un analīze rīki
PredictProtein
Prosite
ProDom
NCBI CDART
Jpred
TargetP
SignalP
TMHMM transmembrānu rajonu paredzēšana
Phobius

12. lekcija

* Ja prezentācija neatveras MS Office PowerPoint programmā, lūdzu noklikšķiniet ar labo peles taustiņu uz lekcijas saites, izvēlēties "Saglabāt failu kā" opciju, saglabājiet prezentāciju savā datorā un atveriet to izmantojot kādu no jums pieejamām biroja programmām.

Zemāk atrodami uzdevumi un ar tiem saistītās DNS sekvences: