Bioinformātika

Bioinformātika ir zinātnes nozare, kurā saplūst bioloģija, datorzinātnes un informāciju tehnoloģijas. Tās mērķis ir nodrošināt bioloģiskās informācijas iegūšanu, apstrādi, uzglabāšanu un analīzi. Pieaugot bioloģiskās informācijas daudzumam, ko izsauca DNS sekvenēšanas tehnoloģiju attīstība, efektīva proteīnu struktūru noteikšana, kā arī gēnu ekspresijas un genotipa analīze izmantojot DNS čipus, radās nepieciešamība pēc jaunām datu bāzēm, automatizētām datu apstrādes metodēm, kā arī jauniem algoritmiem datu analīzei. Bioinformātikas attīstība ir nesaraujami saistīta ar datortehnikas, informāciju tehnoloģiju un programmatūras attīstību.
National Center for Biotechnology Information

Maģistratūras kurss "Ievads bioinformātikā"
2011. gada rudens semestris ( skatīt lekciju materiālus un uzdevumus )
2011. gada semināru un eksāmena vērtējumi

Kursā tiek apskatīti sekojoši jautājumi:

    Bioinformātikas jēdziens, prasības kursa apgūšanai, pieejamā literatūra
    Bioloģiskās informācijas daudzveidība un apjoms
    Bioloģija, statistika, informācijas tehnoloģijas un programmēšana kā bioinformātikas pamatelementi
    Genomu struktūra un evolūcija. Modernās genomu analīzes metodes
    Salīdzinošā genomika
    Bioloģiskās informācijas datu bāzes. Informācijas meklēšanas un iegūšanas sistēmas
    Nukleīnskābju un proteīnu sekvenču līdzības pamatprincipi. Dažādas salīdzināšanas metodes, to priekšrocības un pielietošanas nosacījumi
    Filoģenētika. Klāsteru un kladistisko metožu pielietojums filoģenētisko koku rekonstruēšanā
    Gēnu ekspresijas analīzes statistiskās metodes
    DNS čipu izmantošanas iespējas genomu polimorfisma analīzē. Gēnu ekspresijas ģenētika
    Makromolekulu telpiskā struktūra un tās paredzēšanas metodes. DNS topoloģija
    Proteīnu struktūra, tās paredzēšanas metodes un pielietojums farmakoloģijā
    Proteomika un sistēmu bioloģija. Tīklveida struktūras kā bioloģisko sistēmu dabiska sastāvdaļa
    Bioinformātikas perspektīvas. Bioinformātika kā priekšnosacījums modernās bioloģijas apgūšanai

Literatūra un interneta saites:

    Mācību grāmata - Lesk AM (2008) Introduction to Bioinformatics. 3rd ed. Oxford University Press, New York, USA
    Papildliteratūra - Hall BG (2004) Phylogenetic Trees Made Easy. A How-To Manual. 2nd ed. Sinauer, Sunderland, USA
    Papildliteratūra - Dytham C (2006) Choosing and Using Statistics. A Biologist's Guide. 2nd ed. Blackwell, Malden, USA
    Papildliteratūra - Johnson AL (2000) Elements of Programming with Perl. Manning, Greenwich, USA