Bioinformātika
Bioinformātika ir zinātnes nozare, kurā saplūst bioloģija, datorzinātnes un informāciju tehnoloģijas. Tās mērķis ir nodrošināt bioloģiskās informācijas iegūšanu, apstrādi, uzglabāšanu un analīzi. Pieaugot bioloģiskās informācijas daudzumam, ko izsauca DNS sekvenēšanas tehnoloģiju attīstība, efektīva proteīnu struktūru noteikšana, kā arī gēnu ekspresijas un genotipa analīze izmantojot DNS čipus, radās nepieciešamība pēc jaunām datu bāzēm, automatizētām datu apstrādes metodēm, kā arī jauniem algoritmiem datu analīzei. Bioinformātikas attīstība ir nesaraujami saistīta ar datortehnikas, informāciju tehnoloģiju un programmatūras attīstību.
National Center for Biotechnology Information
Maģistratūras kurss "Ievads bioinformātikā"
2011. gada rudens semestris ( skatīt lekciju materiālus un uzdevumus )
2011. gada semināru un eksāmena vērtējumi
Kursā tiek apskatīti sekojoši jautājumi:
Bioinformātikas jēdziens, prasības kursa apgūšanai, pieejamā literatūra
Bioloģiskās informācijas daudzveidība un apjoms
Bioloģija, statistika, informācijas tehnoloģijas un programmēšana kā bioinformātikas pamatelementi
Genomu struktūra un evolūcija. Modernās genomu analīzes metodes
Salīdzinošā genomika
Bioloģiskās informācijas datu bāzes. Informācijas meklēšanas un iegūšanas sistēmas
Nukleīnskābju un proteīnu sekvenču līdzības pamatprincipi. Dažādas salīdzināšanas metodes, to priekšrocības un pielietošanas nosacījumi
Filoģenētika. Klāsteru un kladistisko metožu pielietojums filoģenētisko koku rekonstruēšanā
Gēnu ekspresijas analīzes statistiskās metodes
DNS čipu izmantošanas iespējas genomu polimorfisma analīzē. Gēnu ekspresijas ģenētika
Makromolekulu telpiskā struktūra un tās paredzēšanas metodes. DNS topoloģija
Proteīnu struktūra, tās paredzēšanas metodes un pielietojums farmakoloģijā
Proteomika un sistēmu bioloģija. Tīklveida struktūras kā bioloģisko sistēmu dabiska sastāvdaļa
Bioinformātikas perspektīvas. Bioinformātika kā priekšnosacījums modernās bioloģijas apgūšanai
Literatūra un interneta saites:
Mācību grāmata - Lesk AM (2008) Introduction to Bioinformatics. 3rd ed. Oxford University Press, New York, USA
Papildliteratūra - Hall BG (2004) Phylogenetic Trees Made Easy. A How-To Manual. 2nd ed. Sinauer, Sunderland, USA
Papildliteratūra - Dytham C (2006) Choosing and Using Statistics. A Biologist's Guide. 2nd ed. Blackwell, Malden, USA
Papildliteratūra - Johnson AL (2000) Elements of Programming with Perl. Manning, Greenwich, USA